O acesso a determinadas fontes de informação e funcionalidades do sistema são baseadas no compromisso assumido pela instituição (Centro Cooperante) com a coordenação nacional ou temática e o conhecimento da metodologia de gestão da fonte de informação.
Se o usuário for cooperar somente com bases de dados bibliográficas, ele terá acesso a somente essa fonte de informação: Registros bibliográficos

A função desempenhada pelo usuário e o conhecimento da Metodologia LILACS definem o nível de permissão que ele tem, sendo os perfis apresentado de forma crescente:
- Editor LILACS-Express: possibilita a rápida publicação de dados mínimos sobre o documento e dar acesso ao texto completo. Destinado a editores e membros de equipes editoriais;
- Documentalista: propicia criação de um registro bibliográfico completo, porém não edita registros publicados;
- Editor: permite a criação e atualização de qualquer registro bibliográfico gerido no sistema.
Tabela comparativa de perfis de usuário
| Ação | Editor LILACS-Express | Documentalista | Editor |
| Criar novo registro bibliográfico | ✔ Status LILACS-Express | ✔ Status Publicado | ✔ Status Publicado |
| Anexar texto completo (PDF) | ✔ | ✔ | ✔ |
| Editar registros da própria instituição | ✔ Se em status Rascunho | ✔ Se em status Rascunho | ✔ |
| Indexar registros com DeCS | ✘ | ✔ | ✔ |
| Publicar registros | ✔ Status LILACS-Express | ✔ | ✔ |
| Revisar registros de outros centros | ✘ | ✘ | ✔ |
| Gerenciar usuários e coleções | ✘ | ✘ | ✔ Usuário avançado |
| Excluir registros | ✔ Criados por seu usuário | ✔ Criados por seu usuário | ✔ Criados por seu usuário |
A seguir se detalha cada perfil.